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Sarcler : Enlever les mauvaises herbes. Sauvageon Jeune arbre qui pousse spontanément.
Saxatile : Plante qui pousse sur les parties rocheuses.
Sciaphile : Plante qui prospère en exposition ombragée.
Scion : Jeune plant greffé.
Serfouette : Outil pratique pour bîner et aérer le sol.
Sessile : Sans support (fleur sans pédoncule, feuille sans pétiole).
Silique : Fruit sec, allongé, formé de deux valves et d'une cloison membraneuse médiane qui porte les graines.
Sillon : Petite tranchée tracée dans le sol pour les semis.
Spadice : Inflorescence en épi enveloppée dans la spathe, avant maturité.
Spathe : Grande feuille coriace (bractée) parfois colorée enveloppant l'inflorescence de certaines plantes (Palmier, Arum).
Sphagnum : Type de mousse que l'on trouve en forêt.
Spinuleux : Espèce végétale couverte d'épines.
Stipe : Tige ou faux tronc dressé, tubulaire, ayant un rôle de soutien (Palmier, pied du champignon).
Stipulaire : Provient des stipules.
Stipules : Très petites feuilles ou appendices à la base des feuilles.
Stolon : Tige puvant s'enraciner à son extrémité pour donner de nouveaux plants (Fraisier).
Stratifier : Conserver des graines ou des boutures en les disposant par couches alternées avec de la terre ou du sable.
Substrat : Support dans lequel est enracinée une plante.
Sujet : Voir Porte-greffe.
Surfaçage : Consiste à dégager la terre de surface d'une motte jusqu'aux premières racines et à la remplacer par de la terre neuve.
Systémique : Fongicide ou pesticide absorbé par le végétal, capté par la sève pour donner une protection totale du sujet.